由于不同行業、不同企業千差萬別，這個過程中的風險也會各有不同。根據我們的經驗，大體上來說在系統的實施過程中的風險具有以下通性。
風險一:如果用戶決定自行實施ERP系統，是否具備足夠的技術力量、項目管理和控制的能力以及有效的實施方法相當關鍵。
風險二:如果用戶決定雇傭顧問公司幫助實施，需要重點考察其是否具備足夠的水平和經驗。
風險三:在實施過程中難免會遇到企業管理流程和機構重組問題，由于牽涉到企業各部門的利益和運作習慣，相關人員的觀念難以轉變，部門之間難以協調，中層領導出現阻力，缺乏改革的動力。
風險四:企業實施ERP系統的目標不明確，實施范圍不確定，并且在實施過程中經常發生變化，導致實施困難。
風險五:實施過程中需要企業項目實施小組成員全力的投入。但因為業務繁忙、時間沖突，造成項目人力資源方面的矛盾。
風險六:項目管理能力不足，溝通不夠，造成項目實施過程中的混亂。
風險七:決策層缺乏充分投入，關鍵問題長期懸而未決。
風險八:由于選型不當，造成實施過程中業務流程和管理的需求在系統中難以實現。
風險九:企業用戶缺乏足夠的技術支持。
風險十:實施的時間不充分。
風險十一:系統過于復雜導致操作人員難以掌握系統，或者操作人員的培訓不夠充分。
風險十二:企業的業務方向在實施過程中發生改變，或者市場環境發生變化。
風險十三:投入高，但預期的目標和效果難以達到。
風險十四:流程的重組、系統的實施給企業帶來的變化使企業難以適應，從而造成管理上的混亂。
風險十五:如果企業用戶在實施新的系統之前正在使用一套舊的系統，新系統的啟動會造成歷史數據與新系統無法兼容。

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