這些問題出現的原因主要在軟件設計階段，設計人員沒能深入的了解業務需求，沒預留對外接口，設計出的軟件只滿足現在的需求，沒考慮對以后業務的擴充等，另外學習國內或國外一些軟件成熟的應用也很重要，在理解的情況下，將已經成型的東西拿來，取其精華，為己所用。
軟肋五：模塊接口缺乏緊密銜接
目前大部分ERP軟件都是按模塊劃分，各模塊接口做的太不靈活，特別是業務緊密的模塊，如生產與供應鏈之間、供應鏈與財務憑證之間等，國內ERP廠商大部分做財務起家，后來轉型做ERP，很多接口方面還是沿用原來的方式。
這個問題主要還應在設計階段加以解決：首先要求設計人員能深入的了解系統間的結構；其次，要找到一種比較穩定有效的處理方式。接口部分主要體現在內部數據交互方面，所以對數據的準確度比較高。
軟肋六：版本各自為政
各自為政的版本主要體現在軟件版本的升級上。軟件升級有很多種，包括新老產品間的升級、補丁包的升級等，目前最常見的問題就是不同版本間升級比較困難，新老產品之間不能通過升級工具平緩升級，需要人工輔助處理。
造成這種問題的原因是產品升級換代太快，新版本與老版本之間數據結構改動較大，從而不能平緩升級。仍然應在軟件設計階段加以解決，分析設計人員對系統的可擴充性設計的不合理，導致維護或新版本開發過程中，新增功能不能兼容原數據結構，造成新老版本不能順利升級。
軟肋七：易用性與界面缺乏用戶體驗
無法獲得良好的易用性，對客戶來講是一件很痛苦的事情。在易用性方面國內ERP軟件做的還不夠好，有些產品甚至看著說明書都不知道怎么操作，其易用性之差可見一斑。違背了軟件產品易操作易實施的初衷，導致每個軟件的操作模式都各不相同。此外，軟件界面風格不一致，不同模塊類似功能的界面都不統一，導致用戶體驗較差，為實施和應用也帶來一定的困難。最近幾年隨著客戶的不斷要求有所改善，易用性與界面已經成為做好ERP產品的兩個最基本的元素，其水平直接影響到后續業務的開展。
解決這兩個問題的關鍵還是在軟件開發階段：首先要有一定的開發規范（標準）供開發人員去遵守，這樣才能保證界面風格及操作方式一致；其次，提高提高軟件界面的美工制作水平和增加對客戶體驗的考量也是ERP軟件廠商應該繼續完善的地方。
誠然，國內ERP軟件要想成熟穩步的發展，還需要我們不斷努力，產品的技術和設計思想需要長期沉淀。但值的慶幸的是，在這個過程中，一些軟件企業已經認識到了這些問題，并逐漸改正。在面對國外老牌ERP的激烈競爭下，國內的ERP廠商也正在逐漸成長。